En 1899 sale elegido Diputado por segunda vez, y la candidatura de Fusión Republicana triunfa en las elecciones municipales. El año 1900 empieza con la visita a Valencia de Dª Emilia Pardo Bazán, a la que acompaña el propio Blasco Ibáñez, publica un libro de cuentos titulado La Condenada, y su novela Entre naranjos con gran éxito, por lo que recibió un homenaje al que asistió Pérez Galdós.
                En febrero de 1901 El Pueblo es suspendido por orden gubernativa durante un mes. Es reelegido por tercera vez Diputado, acompañado por primera vez por Rodrigo Soriano. Blasco Ibáñez es elevado a la jefatura absoluta del partido Fusión Republicana. Aparece su novela Sonnica la cortesana, y publica en El Pueblo su artículo La revolución en Valencia, un ambicioso programa de reformas urbanas que marcarán el futuro de la ciudad. En abril de 1902 Blasco Ibáñez visita a Emilio Zola en París, poco antes de su muerte. Nace su tercer hijo varón, Sigfrido, e inaugura su chalet en la Malvarrosa. En diciembre se publica otra de sus novelas más representativas Cañas y barro.
                El año 1903 comienza con la publicación de su artículo La Universidad Popular, institución que se puso en marcha escasamente un mes más tarde. En febrero se publica en El Pueblo el artículo de Rodrigo Soriano Revolucionarios de entretiempo, criticando a Blasco Ibáñez, lo que supuso la ruptura entre ambos y el principio de un prolongado enfrentamiento. Rodrigo Soriano publicó un nuevo periódico El Radical. En las siguientes elecciones Rodrigo Soriano volvió a salir Diputado, al igual que Blasco Ibáñez y Menéndez Pallarés. El enfrentamiento con Rodrigo Soriano se agrava con el lance habido entre ambos en Madrid, poco después Blasco Ibáñez publica en El Pueblo otro de sus  artículos más conocidos Al pasar. Tras una intensa actividad política, junto a Lerroux, Blasco Ibáñez se bate en duelo con el teniente Alestuei, experto tirador, quien defiende el honor de las fuerzas de seguridad. Blasco salva la vida milagrosamente. En junio publica El Intruso, con la que se inicia su ciclo de novelas sociales de ámbito nacional, a la que seguirán La Bodega y La Horda. En septiembre Blasco obtiene su quinta nominación como Diputado. El mismo día, en Valencia, la comitiva que le acompañaba es tiroteada, registrándose varios heridos. Este hecho marcará el fin de una etapa en la actividad política de Blasco Ibáñez, que en marzo de 1906 renuncia a su acta de diputado y por extensión a su actividad en la política activa. A mediados de ese año publica su novela La maja desnuda. En diciembre es nombrado Comendador de la Legión de Honor de Francia, junto a su gran amigo Joaquín Sorolla, y recibe un homenaje en Valencia, nombrándole hijo adoptivo de la ciudad.
                Al igual que 1906 marca una inflexión en la vida pública de Blasco Ibáñez, el año 1907 marca una inflexión en su vida personal, lo que se trasluce en una de sus obras, La voluntad de vivir, que apenas un mes más tarde ordenó destruir.  Blasco se traslada a Valencia, donde forma parte de una candidatura junto a Gil y Morte, y participa en numerosos mítines, resultando elegida, al igual que la de Rodrigo Soriano. En abril Blasco parte hacia Alicante, ordena la destrucción de toda la tirada de La voluntad de vivir, y poco después parte de viaje. Las crónicas de ese viaje se publican en El Pueblo y más tarde se reúnen en el libro Oriente.
                En 1908 se publica su novela Sangre y Arena. Su actividad política se centra en apoyar la candidatura de Azzati, quien resulta elegido Diputado. A principios de 1909 aparece su libro Los muertos mandan, y en mayo inicia su primer viaje a la Argentina, embarcando en Lisboa en el vapor alemán “Cap Vilano” rumbo a Buenos Aires, donde es recibido con un apoteósico recibimiento. Siguieron una serie de conferencias y homenajes por toda la Argentina, como el nombramiento de Académico Honorario de la Academia de Literatura de Buenos Aires. En el mes de agosto falleció en Valencia D. Gaspar Blasco Teruel, padre del novelista. En enero de 1910 regresó a España, donde escribe Argentina y sus grandezas. En agosto emprende su segundo viaje a la Argentina, y en diciembre formaliza la adquisición de una gran hacienda en Corrientes. A principios de 1911 Blasco se encuentra nuevamente en Madrid, donde asiste a la boda de su hija Dª Libertad con el periodista D. Fernando Llorca.  En junio emprende su tercer viaje a la Argentina, y en el mes de diciembre le sigue su hijo mayor, Mario. En abril de 1912 Blasco viaja a París, regresando más tarde a España. En mayo vuelve a embarcar rumbo a la Argentina en el que será su cuarto y último viaje. Durante 1913 está volcado en la colonización de sus posesiones argentinas, abandonando su actividad creativa. La conjunción de diversas circunstancias provocan el fracaso del proyecto, quedando prácticamente arruinado.

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